C’est à partir de 1240 que Louis IX se lance, sur la côte sablonneuse du littoral languedocien, dans une vaste opération d’aménagement. Son projet : doter la France d’un port convenable sur la Méditerranée, protégé par une cité qui serait à la fois porte du royaume, gardienne des activités portuaires et symbole de la puissance capétienne grandissante. Pour mener à bien ce projet, le roi récupère de l’abbaye de Psalmodi, détentrice de la plus grande partie des terres de la région, une petite portion de territoire qui lui donne une fenêtre sur la mer, entre les possessions de l’empereur Frédéric et celles de Jacques, roi d’Aragon, seigneur de Montpellier.
L’accord avec les religieux n’est pas encore signé, que le roi jette les bases des premiers monuments du site, la tour de Constance, dite alors « grosse tour du roi », et un château royal aujourd’hui disparu, et qui occupait l’emplacement de l’actuel logis du Gouverneur.
Entre 1240 et 1248, les bâtiments royaux sont exécutés à grands frais, selon un chroniqueur de l’époque, matériaux et main d’oeuvre étant importés, puisque la zone est alors vide d’homme et ne dispose pas de la pierre nécessaire aux constructions. Pour attirer une population nombreuse, le roi accorde en 1246 à la bastide dont il définit le tracé, une charte de privilèges particulièrement généreuse, octroyant d’emblée à Aigues-Mortes une organisation civique sous la forme d’un consulat. Cette création semble se faire dans l’urgence : le souverain, puis son fils devront agrandir à deux reprises le territoire affecté primitivement à la cité, insuffisant pour subvenir aux besoins d’une population que l’on souhaitait nombreuse. Le premier édifice achevé par Louis IX est la tour-donjon qui défend l’ensemble castral. Avec ses 30 m de haut pour un diamètre de 22 m, elle est caractéristique de l’architecture royale depuis le règne de Philippe Auguste. La masse de pierre repose sur un réseau de pilotis qui ameublit le sol sablonneux.
La tour de Constance se compose de trois niveaux (un cul-de-basse-fosse, qui servit de lieu de stockage et de prison ; la salle basse qui permettait l’accès au château depuis la campagne ; la salle haute, occupée par le châtelain de la tour et la garnison, puis, beaucoup plus tard, par les prisonniers protestants) et d’une terrasse.
La salle basse constitue une sorte de sas entre la campagne et l’ensemble castral. On y accédait, au nord et au sud par un système de pont-levis, aujourd’hui disparu au nord, remplacé par une passerelle fixe au sud. Les entrées étaient protégées par une porte, une herse et un système d’assommoir défendu depuis la coursière qui se loge dans l’épaisseur du mur aux deux-tiers de la hauteur de la salle. Quatre grandes archères permettaient aux défenseurs de balayer un ample rayon autour de l’édifice ; la coursière annulaire ne laissait aucun angle mort aux défenseurs en cas d’invasion du premier niveau. Aigues-Mortes est une création ex nihilo, expression de la seule volonté royale. Le plan de la cité est typique de ces créations originales que sont les villes neuves ou bastides, avec un tracé orthogonal, organisé autour d’une place qui occupe alors le centre de l’espace bâti : c’est là que les citoyens se rencontrent, que se tient le marché institué par le roi, que sont publiées les décisions royales, en un mot que se trame la vie politique et sociale de la ville… Aussi est-ce autour de cet espace que sont logés les édifices publics de la cité.
